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今作は5つのシナリオで構成。第1話はなんと過去に遡り、成歩堂と千尋の出会いの物語から始まる。殺人事件の容疑者となった大学生時代の成歩堂と「逆転裁判1」で彼の上司だった綾里千尋が新米弁護士として弁護する。このシナリオをきっかけにとして事件を解決していくごとに、隠された大きな謎の真相に近づくことになる。最後のストーリーで成歩堂が真の判決を勝ち取るとき、すべての謎が明らかになる！
